まだ吉野川に堤防のなかった藩政時代、毎年川は荒れ放題だった。宝暦6年（1756）の大洪水で、飯尾川に沿った牛島村の人々は、堤防を築いて牛島東部への水の侵入を防ぐとともに水を南の向麻山（こうのやま）の麓の方へ放流しようとしたが、上浦地区では浸水地域が広がると反対していた。藩主の許可がなかったので、藩士稲垣監物は非常手段として一夜の間に牛島地区の農民を督励して堤を築き、自ら全責任を負って切腹し、果てたと伝えられている。農民はその徳を慕って字桑上に稲垣神社を建立し、現在も祭りを続けその霊を慰めている。

慶応元年（1865）に発生した飯尾川の大洪水は、ひとつの神社をまるごと押し流してしまうほどの水量であった。鴨島町中島の諏訪神社である。大正12年（1923）に現在地へ移転されたこの神社は、もともと飯尾川の洪水のために西方の上下島・諏訪に流されてきたものであった（『かもじま町の歴史とゆたかな文化財』）。

死者2,140人から3万余人と記録されている未曾有の大水害であった。
徳島市国府町の蔵珠院（ぞうしゅいん）には、当時の痕跡が今も残されている。過去帳には被害状況が記録され、茶室の壁には「座上二尺」（約60cm）に水位が残されている。なお、この水位は前の畑から約3mの高さになる。

明治18年（1885）から始まった国と県による吉野川改修工事中に起きた洪水で、水害の原因は国の工事ミスによるものだとして、住民が土木事務所を襲撃するという事件があり、工事中止の原因ともなった。
なおこのときの洪水で、県事務所が間借りしていた民家を含む43戸が押し流され、土木監督署員、県土木課員などを含む30名が亡くなった。

9月25日付の『徳島日日新報』はこのときの模様を次のように伝えている。
「21日夜来の豪雨は吉野川をはじめ那賀川・勝浦川両川に絶大の増水を見たり。県下を通じ大小河川の増水を生じ、下流氾濫大洪水と化し、（中略）稲田湖海と変じ民家は湖中の孤島たるに至る」
『板野郡誌』によれば、水かさは田の面上一丈（3メートル）、潮水の浸水五尺（1．5メートル）、三日三晩屋根の上で水の退くのを待っていたという話も残る。

この年は、わずか20日間に4つの台風が襲来する災難つづきだった。なかでも12号台風は、吉野川の治水計画再検討のきっかけとなった著名な台風である。
池田町イタノで14日1時に警戒水位9．0メートルを突破し、最高15．8メートルを記録。ピーク流量が、池田で毎秒12,620立方メートル、岩津で毎秒15,000立方メートルを記録した。これは現在なお既往最大値である。

室戸岬西方に上陸し、徳島市南岸を通り阪神地域に上陸して富山県に抜けた台風。
吉野川上流で総雨量600～700ミリに達する大雨となり、岩津の最大流量は毎秒11,960立方メートルであった。
宮川内谷（みやごうちたに）川、熊谷（くまたに）川など支川（しせん）が各地で破堤したほか、飯尾（いのお）川、桑村（くわむら）川、学島（がくしま）川などで内水被害が続出した。また河口での高潮とあいまって、この洪水による被害は浸水面積6,638ヘクタール、床上浸水15,408戸、床下浸水9,702戸と大きなものであった。

四国西部に上陸した台風は、上流から下流へ向かってほぼ流域を縦断したため、全体的に雨量が多く、岩津の最大流量は毎秒14,470立方メートルを記録。岩津上流部の無提地区において氾濫被害が発生し、下流部では飯尾（いのお）川などで内水被害が発生した。

池田より上流域では雨が少なかったが、それより下流では雨が集中し、岩津の最大流量は毎秒13,870立方メートルとなった。

吉野川の上流域と剣（つるぎ）山周辺を中心に、総雨量が1,000ミリを超える観測史上最大のものとなり、床上浸水3,880戸、床下浸水25,713戸、全壊流失家屋109戸と甚大なものとなった。

秋雨前線が停滞していたところへ台風が接近したため、流域の山間部で総雨量は約900ミリに達するものとなった。このため城の谷川、桑村川などの内水地域で被害がひどかった。このとき岩津の最大流量は毎秒11,190立方メートルに達した。

岩津の最大流量は毎秒12,080立方メートルに達し、岩津上流部の無提地区において氾濫被害が発生した。

8月31日の台風16号は、約30年ぶりの大洪水を引き起こした。流域全体に多くの降雨をもたらし、多いところで500mm程度の総雨量を観測。池田から岩津間の無堤地区で氾濫被害、内水地区で浸水被害をもたらした。
9月29日の台風21号では吉野川は浸水面積362ha、床上浸水5戸、床下浸水12戸、旧吉野川は、浸水面積72ha、床上浸水1戸、床下浸水8戸の被害があった。
10月20日の台風23号は、観測史上最大級の洪水をもたらした。流域全体で多くの降雨があり、各観測所では400～500mmの総雨量を観測。岩津地点で約16,400m3/sのと戦後最大の流量を記録した。 この洪水は、池田から岩津間等の無堤地区で外水氾濫による被害、飯尾川、城の谷川等で内水氾濫被害を引き起こし、吉野川は浸水面積7,645ha、床上浸水745戸、床下浸水1,975戸と甚大な被害が発生。また、旧吉野川流域でも浸水面積3,120ha、床上浸水139戸、床下浸水457戸の被害となった。
■平成１６年台風１０号　出水パンフ
■平成１６年台風１６号　出水パンフ
■平成１６年台風２３号　出水パンフ

この年は異常渇水から一転、大洪水となった。9月7日の台風14号により、上流域（池田上流）では多いところで1,000mm程度の総雨量を観測。吉野川の池田地点では6日22時10分に危険水位を超え、7日1時50分にピーク水位9.18mを記録した。吉野川のすべての観測所で警戒水位を超えた。浸水面積 666ha、床上浸水19戸、床下浸水111戸の被害が発生した。
■平成１７年台風１４号　出水パンフ

9月21日の台風15号は前線の影響により、台風から離れた地域でも豪雨を観測。吉野川では、徳島市、石井町、吉野川市等で浸水面積4,201ha、床上浸水107戸、床下浸水618戸の被害が発生。旧吉野川では、鳴門市、松茂町、北島町等で浸水面積774ha、床上浸水18戸、床下浸水137戸の被害が発生した。

8月3日に12号、8月10日に11号と連続した２つの台風と前線の影響により、数日の小康状態を挟んで、10日以上にわたって強い雨が降り続いた。吉野川の池田観測所では、はん濫危険水位を超えた。台風12号は吉野川岩津～池田間で浸水被害が発生し、浸水家屋は25戸（床上17戸、床下8戸）、浸水面積は163haとなった。台風11号は河口から岩津間と旧吉野川を中心に被害が発生し、浸水家屋は123戸（床上22戸、床下101戸）、浸水面積は3,137haとなった。
■平成２６年台風１２号-１　出水状況
■平成２６年台風１２号-２　出水状況

これまでの7月降水量第一位を上回る大雨が降った。
吉野川では、総雨量1,000mmを越える雨量を20地点で観測。激しい降雨により、三好市井川町の池田観測所において、6日12時40分にはん濫危険水位（8.00ｍ）を越え、7日1時50分には最高水位（8.78ｍ）を観測した。 内水被害が1箇所、無堤部区間では浸水が発生した。 吉野川沿川に設置している排水機場全17箇所のうち15箇所が稼動し、全箇所で約928万4千m3（東京ドーム約7.4杯）を排水。 さらに排水ポンプ車5台を5箇所に出動し排水作業を行い、全箇所で約51万3千m3（25mプール約1,280杯）を排水した。
■平成３０年台風７号　出水状況