川にすむ生き物を採集し、その種類を調べることで、水質（水のよごれの程度）を判定する調査です。 水生生物調査では、２９種の生き物が指標生物として選ばれています。川の中にすんでいる生き物の種類と数から、川の水のよごれの程度が４つのレベルのどの段階なのかがわかります。 また同時にパックテスト（簡易水質調査）を行い、川のよごれについて数値との比較を行います。